完成前述处理后,即可进入最广为人知的步骤:杀菌和包装。目前有两种主流的杀菌方法,分别为巴氏消毒和超高温瞬时灭菌。
传统的巴氏消毒法采用72~85℃,15~20秒,可除去常见病原菌,该方法较好地保留了牛奶的营养和风味,但由于无法杀灭所有微生物,产品需在4℃以下冷藏保存,而且保质期较短,通常不超过10天。
超高温瞬时灭菌的温度更高,时间更短,大部分采用135~140℃,4~10秒,能够杀灭更多的微生物,产品常温储存即可,而且保质期更长,有些可达6个月甚至更久,但同时高温对蛋白质和其他营养、风味物质的破坏也更大。
灭菌之后即可进入自动化包装,更先进的包装技术也能一定程度上延长产品的保质期。